Päijänteen Luonnonperintösäätiön perusti vuonna 2008 sysmäläinen Päijätsalon Osuuskunta, joka koostuu alueen vakituisista ja vapaa-ajan asukkaista.
Päijätsalon Osuuskunta oli saanut perustamisvuonna 1912 lahjoituksena senaattori Onni Schildtiltä 30 hehtaarin kokoisen alueen Päijätsalosta. Alue käsitti saaren korkeimman kohdan, jossa oli 16 metrinen näkötorni.
Osuuskunta hoiti lahjoitusmaataan sääntöjen mukaisesti antaen alueeseen kuuluvan aarnimetsän kasvaa koskemattomana sekä kunnostaen ulkoilupolkuja ja näkötornia.
Osuuskunnan myötävaikutuksella 20 hehtaarin alueesta muodostettiin vuonna 1985 ympäristöministeriön päätöksellä Päijätsalon luonnonsuojelualue määräyksineen.
Saamallaan korvauksella osuuskunta teetätti alueen käyttöperiaatteista suunnitelman, luontopolkuverkoston, virkistysreitin opasteineen ja luontotauluineen, retkisataman ja tulentekopaikat.
Sysmän kunta kaavoitti 1990-luvulla Päijätsaloon omistamalleen alueelle runsaasti lisää vapaa-ajan asutusta. Koska suuren loma-asutuksen läheisyys olisi lisännyt merkittävästi luonnonsuojelualueen kunnossapitoa, käynnisti Päijätsalon Osuuskunta neuvottelut ympäristöministeriön kanssa alueen myymiseksi osaksi Päijänteen kansallispuistoa. Alue siirtyi heinäkuussa 2001 Suomen valtiolle ja alueen polkujen ja rakennelmien kunnossapitovastuu siirtyi Metsähallitukselle.
Päijätsalon osuuskuntakokous päätti yksimielisesti lahjoittaa vuonna 2009 puolet varoistaan perustetulle Päijänteen Luonnonperintösäätiölle tarkoituksena jatkaa Päijätsalon Osuuskunnan työtä luontoarvoja vaalimalla ja toimia Päijänteen kansallispuiston tukena yksityisenä ja itsenäisenä toimijana.
Osuuskunnalle jäi Päijätsaloon vielä 10 hehtaaria vanhaa metsää. Alue suojeltiin Metso-ohjelmalla vuonna 2014.
Päijätsalosta avautuu upea maisema Päijänteelle
Päijänteen Luonnonperintösäätiö PLUPS:n jo ennestään suuri suojelualue Hartolan taajaman eteläpuolella sijaitsevalla Isosuolla laajeni noin 26 hehtaarilla. Isosuon itäosan kaksi määräalaa kasvattavat säätiön Isosuolta omistamien alueiden yhteispinta-alan noin 150 hehtaariin.
PLUPS on saanut lahjoituksena pienen saaren Kuhmoisista. Suomen luonnonsuojeluliitto Jämsän seutu ry. on lahjoittanut PLUPS:lle suojelutarkoituksiin pienen saarikiinteistön Kuhmoisten Rekisalon länsipuolelta. Saarue, niminen kiinteistö on säätiön kolmas suojelukohde Kuhmoisissa.
Päijänteen Luonnonperintösäätiö PLUPS hankki joulukuussa pienen, mutta sympaattisen suojelualueen Leivonmäen Savenahon kylästä.
PLUPS osti joulukuussa 2022 Sysmän Virtaalta runsaan 73 hehtaarin metsäalueen. Alue nimettiin Sammalsuonvuoren metsäksi.
Kesäkuussa 2022 PLUPSille lahjoitettiin reilun kolmen ja puolen hehtaarin suuruinen Ojala, metsä- ja maatila Sysmän Taipaleen kylästä. Alue nimettiin Saimi Korpelan muistometsäksi.
PLUPS osti helmikuussa 2022 Hartolan Leppäkoskelta 14 hehtaarin metsäalueen, josta valtaosa on uhanalaiselle valkoselkätikalle soveliasta lehtimetsää. Alue nimettiin Majuven metsäksi.
Säätiö osti joulukuussa 2021 Sysmän Saarenkylästä, läheltä Päijännettä 40 hehtaarin jylhäkallioisen Pirttivuoren metsän.
Pekka Louhivuoren perikunta lahjoitti säätiölle jylhänkomean Lumevuoren Haapasaaren länsipuolelta. Alue on puolen hehtaarin kokoinen ja luonnontilainen.
PLUPS osti heinäkuussa 2021 yhdessä Luonnonperintösäätiön kanssa Pentti Linkolan muistometsän, Riuttasalon, Toivakasta läheltä Päijännettä.
Säätiö on ostanut joulukuussa 2020 yhdeksän hehtaarin metsätilan Korpilahden Rantuusta läheltä Päijännettä.
Säätiö sai Pienet Verkkosaaret lahjoituksena kesäkuussa 2020. Saaret sijaitseva Korpilahdella Päijänteellä Kärkistensalmen länsipuolella.
Säätiö osti maaliskuussa 2020 Vehkosaaren 64 hehtaarin metsäalueen Vesijärveltä.
Säätiö osti hehtaarin kokoisen Lehtosaaren Kuhmoisista Päijänteeltä heinäkuussa 2019.
PLUPS osti toukokuussa 2019 Hartolan taajaman eteläpuolella sijaitsevalta Isosuolta 116 hehtaarin alueen.
Säätiö osti 25 hehtaarin Petäjäsaaren metsätilan Rautavedeltä Hartolasta toukokuussa 2018.
Syvänsilmänvuoren 17 hehtaarin rantametsä Sysmän Virtaalta siirtyi helmikuussa 2016 säätiölle.
Säätiö hankki marraskuussa 2015 viiden hehtaarin kokoisen, runsaspuustoisen Haapakoskelon metsän Sysmän Virtaalta.
Päijänteen Luonnonperintösäätiö osti joulukuussa 2014 suojeluun toisen saarialueen Asikkalan Urajärveltä.
Säätiö osti joulukuussa 2014 Kuminansalon saaritilan pohjoiselta Päijänteeltä.
Säätiöön omistukseen siirtyi elokuussa 2014 Asikkalan Urajärvellä sijaitseva noin hehtaarin kokoinen Korppisen saari.
Säätiö osti tammikuussa 2013 Kuhmoisista komean Pihlajasaarten alueen.
Säätiö osti syyskuussa 2012 Jyväskylästä, Korpilahden Rutalahdelta noin 15,5 hehtaarin suuruisen Koivumäen metsätilan.